虽有少数正直官员为熊廷弼喊冤，说他处处受掣肘，不得施展，不应为战败负责。但此前力撑王化贞的叶向高、张鹤鸣等东林党人，为了摆脱罪责，不断将脏水泼向熊廷弼。
更可悲的是，一代名将熊廷弼，在狱中竟然成了政治斗争的牺牲品。
熊廷弼下狱三年后，本来有希望活下来，但此时，他却被告发行贿东林党人。
原来，东林党人在天启四年（1624年）发起了大规模的弹劾魏忠贤及其阉党的运动。魏忠贤决定先发制人，对东林党实行反扑。阉党中有个姓冯的人，早年与熊廷弼有嫌隙，为泄私愤，就向魏忠贤献了一条毒计——捏造熊廷弼向东林党人杨涟、左光斗行贿的罪名。
在当时的党争中，涉及辽东事务，基本可定死罪。正如东林党人此前在广宁之战的责任承担中极力要甩锅给熊廷弼一样，魏忠贤要置东林党人于死地，就想让东林党人与熊廷弼沾上关系。