构筑、维持、维护都非常困难，性价比不高
ABC在能够精确地核算成本的同时，也需要消耗大量的时间和精力，因此必须考虑使用ABC的性价比。事实上，严格采用ABC的企业并不多，绝大多数的情况下都是大致进行一下分析。
无法明确未利用资源
所谓未利用资源，其实就是闲置资源。明显没有被利用起来的资源很容易判断，但难就难在像策划开发和执笔等创造性工作中，用来思考的时间乍看起来就好像并没有在工作一样。这样的时间在ABC中应该如何判断是一个非常困难的问题。
没有考虑作业的品质差异
利用作业来分配人工费的情况下，一般来说都是以时间作为分配基准，但是如果员工之间的作业品质差异过大，那么单纯以时间作为分配基准就有问题。
像工厂劳动者和餐饮店员工这样的情况，不同员工在单位时间之内的生产效率可能差距不大。但像广告代理和研究开发之类的工作，单位时间内工作的质和量则可能出现很大的差距，如果都按照同样的1小时为基准对成本进行管理是不妥当的。